Mata kuliah Rekayasa Sistem Bioflok membahas prinsip, teknologi, dan aplikasi sistem bioflok dalam budidaya perairan yang berkelanjutan. Sistem bioflok adalah metode budidaya yang mengandalkan komunitas mikroorganisme untuk mengolah limbah organik dan menghasilkan sumber pakan alami, sehingga meningkatkan efisiensi penggunaan pakan dan kualitas air dalam kolam budidaya.
Materi kuliah mencakup mekanisme pembentukan bioflok, faktor-faktor yang mempengaruhi pembentukan dan stabilitas bioflok, desain sistem bioflok, serta manajemen operasional dan monitoring kualitas air. Selain itu, mata kuliah ini membahas aspek ekonomi dan lingkungan dari penerapan sistem bioflok dalam budidaya ikan, udang, dan organisme akuakultur lainnya.