Mata kuliah Metodologi penelitian membahas tentang hakikat penelitian, tujuan, karakteristik peneltian kuantitatif dan kualitatif yang relevan dengan penelitian biologi serta membekali mahasiswa untuk mampu membuat keputusan dalam mengaplikasikan metode penelitian untuk menemukan alternatif solusi dalam menyelesaikan permasalahan bidang biologi. Kajian metodologi penelitian juga mencakup paradigm penelitian, langkah-langkah penelitian dari mulai merumuskan masalah, menyusun landasan teori, kerangka berpikir, merumuskan hipotesis, menentukan variabel, populasi dan sampel, menyusun desain penelitian, instrument penelitian, tehnik pengumpulkan data, menganalisa data, menyimpulkan hasil penelitian dan menyusun laporan penelitian. Produk atau luaran dari mata kuliah metodologi peneltian adalah proposal penelitian biologi. Mata kuliah ini disajikan dalam bentuk presentasi, diskusi dan pemberian tugas.