Mata Kuliah
Bioinformatika

Deskripsi Mata Kuliah

Capaian Mata Kuliah

• - Mengembangkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan kreatif dalam melakukan pekerjaan yang spesifik di bidang keahliannya serta sesuai dengan standar kompetensi kerja bidang yang bersangkutan
  • CPMK .1 - Mampu mengaplikasikan teknik statistik inferensial, pemodelan Machine Learning, dan graph analytics pada data ekspresi gen (RNA-Seq) dan jaringan biologis secara logis dan kritis.
    • SUB-CPMK .1.1 - Mampu melakukan analisis ekspresi gen diferensial menggunakan DESeq2 berbasis metode statistik inferensial untuk mengidentifikasi gen yang mengalami perubahan ekspresi secara signifikan.
    • SUB-CPMK .1.2 - Mampu merancang dan mengimplementasikan model Machine Learning untuk melakukan klasifikasi sekuens biologis serta mengevaluasi kinerja model secara kritis.
    • SUB-CPMK .1.3 - Mampu menyajikan dan menginterpretasikan hasil analisis ekspresi gen diferensial melalui visualisasi Volcano Plot, Heatmap, dan PCA secara sistematis dan kritis.
    • SUB-CPMK .1.4 - Mampu menganalisis dan mengevaluasi jaringan interaksi protein (PPI Network) menggunakan pendekatan graph analytics untuk mengidentifikasi karakteristik dan hubungan antarprotein.
• - Mampu merancang dan mengembangkan algoritma untuk berbagai keperluan seperti analisis big data, kecerdasan artifisial, basis data, penambangan data, statistika inferensial, desain dan analisis algoritma, dan data warehouse
  • CPMK .1 - Mampu merancang, menganalisis, dan mengimplementasikan algoritma penyejajaran sekuens (sequence alignment) dan pencarian heuristik (BLAST) untuk analisis homologi (SDG 3).
    • SUB-CPMK .1.1 - Mampu merancang dan mengimplementasikan algoritma Dynamic Programming (Needleman-Wunsch dan Smith-Waterman) untuk melakukan penyejajaran sekuens global dan lokal.
    • SUB-CPMK .1.2 - Mampu menganalisis dan menguji algoritma pencarian heuristik (BLAST API) dan Multiple Sequence Alignment (MSA) untuk identifikasi homologi sekuens patogen (SDG 3).
    • SUB-CPMK .1.3 - Ujian Tengah Semester (UTS)
    • SUB-CPMK .1.4 - Mampu menganalisis dan menerapkan matriks substitusi PAM dan BLOSUM dalam proses penyejajaran sekuens untuk mendukung analisis homologi.
• - Menguasai konsep teoritis bidang pengetahuan sains data khusus dalam bidang pengetahuan tersebut secara mendalam, serta mampu memformulasikan penyelesaian masalah prosedural
  • CPMK .1 - Menguasai konsep dasar bioinformatika, representasi data biologis molekuler, serta teknik akuisisi data otomatis melalui API R dengan memperhatikan etika open science (SDG 12).
    • SUB-CPMK .1.1 - Mampu menjelaskan konsep dasar bioinformatika, arsitektur data molekuler (FASTA, GenBank, PDB), serta etika sitasi pada repositori data publik (SDG 12).
    • SUB-CPMK .1.2 - Mampu merancang skrip R untuk akuisisi, ekstraksi, dan manipulasi data molekuler secara otomatis dari repositori publik (NCBI/UniProt) via API R (rentrez, Biostrings).
• - Mampu menerapkan pemikiran logis, kritis, sistematis, dan inovatif dalam mendesain, mengimplementasi dan mengevaluasi ilmu pengetahuan dan teknologi yang memperhatikan dan menerapkan nilai humaniora dalam bidang sains data
  • CPMK .1 - Mampu mengoperasikan pipeline pemrosesan data Next-Generation Sequencing (NGS), Variant Calling, dan Metagenomik Lingkungan untuk mendukung bio-konservasi (SDG 13 & 15).
    • SUB-CPMK .1.1 - Mampu menganalisis dan mengolah data mentah Next-Generation Sequencing (NGS) dari format FASTQ hingga BAM melalui tahapan quality control, alignment, dan post-alignment processing.
    • SUB-CPMK .1.2 - Mampu menganalisis profil taksonomi dan keanekaragaman hayati ($\alpha/\beta$-diversity) dari data metagenomik lingkungan (Eco-Data) berbasis R (phyloseq) untuk bio-konservasi (SDG 13 & 15).
    • SUB-CPMK .1.3 - Ujian Akhir Semester (UAS)
    • SUB-CPMK .1.4 - Mampu menjalankan dan menganalisis pipeline Variant Calling untuk menghasilkan file VCF serta mengidentifikasi mutasi atau variasi genetik.
  • CPMK .2 - Mampu merancang dan mendiseminasikan prototipe aplikasi analitik bioinformatika interaktif berbasis R Shiny berorientasi edu-technoecopreneurship (SDG 3, 12, 13, 15).
    • SUB-CPMK .2.1 - Mampu mengintegrasikan pipeline analisis bioinformatika R ke dalam arsitektur antarmuka aplikasi web interaktif multiplatform berbasis R Shiny/flexdashboard.
    • SUB-CPMK .2.2 - Mampu memformulasikan dan mempresentasikan solusi analitik genetik interaktif yang solutif, kreatif, dan bernilai guna tinggi (Edu-Technoecopreneurship Capstone Project).