Matakuliah ini mengaji tentang penerapan konsep-konsep mikrobiologi pada lingkungan yang meliputi analisis kualitas lingkungan secara mikrobiologi, monitoring kualitas lingkungan berdasar keragaman mikrobianya, peran mikrobia dalam biotransformasi, biodegradasi, bioremediasi, biomining , dan fungsi mikrobia sebagai bioindikator, biopestisida. Matakuliah ini disajikan dalam bentuk teori dan praktek.