Matakuliah Manajemen Ekosistem Perairan (MEP) mempelajari ruang lingkup dan teknologi Manajemen Ekosistem Perairan meliputi; konsep manajemen ekosistem perairan, karakteristik, struktur, dan dinamika ekosistem perairan, potensi dan permasalahan ekosistem perairan, kebijakan dan strategi pengelolaan ekosistem perairan, elemen dan proses pengelolaan ekosistem perairan, pedoman pengelolaan ekosistem perairan, pengembangan kelembagaan dalam perencanaan dan pengelolaan ekosistem perairan, pengelolaan ekosistem sungai, pengelolaan ekosistem danau, pengelolaan ekosistem pesisir, pengelolaan ekosistem laut, ekonomi sumberdaya ekosistem perairan, pengembangan sistem informasi, IPTEK dan sumberdaya manusia untuk menunjang pengelolaan ekosistem perairan secara terpadu, ekosistem perairan dalam perspektif global dan cara melestarikannya. Produk atau luaran dari mata kuliah Manajemen Ekosistem Perairan adalah laporan Manajemen Ekosistem Perairan. Matakuliah ini disajikan dalam bentuk presentasi, diskusi dan praktikum di lapangan dan laboratorium.
